शहाजीराजांनी केवळ नाईलाजाने आदिलशाहीची सरदारकी पत्करली. आदिलशाहने मोंगलांना खूश ठेवण्यासाठी शहाजीराजांना रणदुल्लाखानाबरोबर विजापूरास जाऊन राहण्याची आज्ञा केली, म्हणून शहाजीराजांनी जिजाबाई व सहा वर्षांचा शिवाजी या दोघांना दादोजींबरोबर पुण्यास पाठविण्याचा निर्णय घेतला. मुहम्मदशाह बादशहाने शहाजीराजांना बारा हजारांची सरदारी दिली. पुणे व सुपे भागाची जहागिरी त्यांच्याकडेच चालू ठेवली..
शिवबाला व जिजाबाई यांना पुण्याला पाठविण्यामागे शहाजीराजांचा हेतू असा होता की, शिवबाची पुण्याच्या डोंगरदऱ्यांत वाघासारखी वाढ व्हावी. ओस पडलेल्या व उद्ध्वस्त झालेल्या पुण्याची व मावळाची भरभराट व्हावी आणि शिवबाला दौलतीच्या काराभारात जाणता-नेणता करावे. आदिलशाहने कोंढाणा गड व कोंढाणा सुभा या प्रदेशांची देखभाल करण्यासाठी सुभेदार म्हणून दादोजी कोंडदेव यांना नेमले होते. शहाजीराजांनी आपल्या मनातला बेत दादोजींनाs* सांगितला व ही जबाबदारी त्यांच्यावर सोपविली. हे काम मोठे अवघड होते, परंतु दादोजींनी ते आनंदाने स्वीकारले.
शहाजीराजांनी सर्व तयारी केली. स्वार, शिबंदी, उंट, घोडे, हत्यारे, मेणे, पालख्या इत्यादी; आवश्यक त्या सर्व वस्तू, कारकून, नोकरचाकर व विख्यात शिक्षकांसह शहाजीराजांनी दादोजींना शिवबा व जिजाऊसाहेब यांच्यासह पुण्याकडे रवाना केले. जिजामाता शिवबासह पक्क्या बंदोबस्तात मजल दरमजल करीत विजापूरहून पुण्यास आल्या. मेण्यातून उतरताच त्यांनी गावाकडे पाहिले… आणि काय दिसले त्यांना? सगळे गाव उदध्वस्त झालेले. घरादारांची राखरांगोळी झाली होती. मठ, मंदिरे नष्ट झाली होती. सगळीकडे रानटी झाडे वाढलेली होती. भरदिवसा गावात कोल्हे, लांडगे खुशाल फिरत होते.
मनुष्यवस्ती जवळजवळ नव्हतीच. पाचपन्नास कुटुंबे खोपटी उभारून त्यात कशीबशी जगत होती. हे सगळे पाहून जिजाऊंच्या डोळ्यांत पाणी आले. त्यांच्या डोळ्यावाटे चीड, संताप, क्रोध बाहेर पडत होता. जिजाऊ आणि शिवबा येथे राहण्यासाठी आले आहेत हे समजताच आजपर्यंत भीतीने दडपून गेलेली गावातील पाचपन्नास माणसे त्यांच्याभोवती जमा झाली. जिजाबाई त्यांना म्हणाल्या, “आम्ही येथे तुमच्यासाठी कायमचे राहण्यासाठी आलो आहोत. नुसते राहण्यासाठी नाही, तर शत्रूने राखरांगोळी करून टाकलेले पुणे पुन्हा नव्याने उभारण्यासाठी, सुंदर पुणे निर्माण करण्यासाठी आम्ही आलो आहोत.
मात्र यासाठी तुम्हीही मोठ्या जिद्दीने आम्हाला सर्वतोपरी सहकार्य करावयास हवे.” जिजाबाईंचे हे शब्द ऐकताच तेथे जमलेल्या गावकऱ्यांचे चेहरे एकदम उजळले. सर्व जण पडेल ते काम करण्यास एका पायावर तयार झाले. पुण्यात आल्यावर शहाजीराजांच्या आदेशाने दादोजींनी जिजाबाई आणि शिवबा यांच्यासाठी एक चांगला ऐसपैस लांब, रुंद, उंच, साथसंगीन, दणकट, झोकदार असा वाडा बांधला आणि वाड्याला नाव दिले ‘लाल महाल’.
राजा-महाराजांना शोभेल असाच तो वाडा होता. शहाजीराजांनी शिवरायांसाठी मराठी, संस्कृत, फारसी अशा अनेक भाषा, हिशोब तसेच युद्धकलेतील घोडदौड, तलवार चलविणे, दांडपट्टा चालवणे, भालाफेक, कुस्ती खेळणे इत्यादी अनेक विद्या व कलांमध्ये पारंगत होण्यासाठी गाढे पंडितांची तसेच हुशार अशा शिक्षकांची नेमणूक केली. दादोजींनी पुण्याचा कारभार शिवबांच्या नावाने सुरू केला.
मावळात शिवाजीराजांच्या कारभाराची द्वाही फिरविली आणि पुण्याची सुधारणा सुरू केली. शत्रूच्या स्वाऱ्यांमुळे पुणे प्रांतातील चांगल्या सुपीक जमिनी ओस पडल्या होत्या, खेडी मोडकळीस आली होती, शेतात सगळीकडे रानझाडे माजली होती, लोक गरीब झाले होते. पुण्याची जमीन अगदी भकास झाली होती. शत्रूनी गाढवांचा नांगर फिरवल्यावर तिचे काय होणार? पंतांना हे पाहवेना. त्यांनी बारा मावळांतल्या शेतकऱ्यांना कामाला लावले.
जमिनी लागवडीस आणून कणगीकणगी धान्य पिकवायला लोकांना प्रोत्साहन मिळावे म्हणून शिवबाच्या हस्ते सोन्याच्या नांगराने जमीन नांगरली व मदतीचा हात पुढे केला; त्यामुळे शिवारे पिकाना डोलू लागली. शेतकऱ्यांची घरं धनधान्याने भरू लागली. सगळ्या मुलखात रानटी, जंगली श्वापदांनी अगदी वैताग आणला होता. पंतांनी रानटा जनावरे मारणाऱ्यांना बक्षिसे दिली. मुलखात चोऱ्यामाऱ्या फार वाढल्या होत्या. पताना हत्यारबंद स्वारांच्या तुकड्या तयार केल्या. गावातील रामोश्यांना जागता पहारा करावयास लावला. पुण्यातील मठ, मंदिरांची, दर्यांची, मशिदींची सर्व व्यवस्था पूर्ववत सुरू केली.
लाल महालाच्या सदरेवर न्यायनिवाडे होऊ लागले. त्या वेळी स्वत: जिजामाता व शिवबा तेथे हजर असत. काही वेळा स्वत: जिजामाता न्यायनिवाडा करीत असत. 2 आईसाहेबांच्या या कारभाराचा शिवबांवर विलक्षण परिणाम होत होता. आईसाहेबांच्या व तज्ज्ञ शिक्षकांच्या देखरेखीखाली उत्तम राज्य कारभार कसा करावा, शत्रूशी युद्ध कसे करावे, शक्तीपेक्षा युक्तीने शत्रूवर मात कशी करावी, किल्ल्यांची रचना कशी करावी, घोडे, हत्ती, उंट तसेच विविध हत्यारांची निवड, पारख कशी करावी, शत्रूच्या प्रदेशातून, तावडीतून कसे बाहेर पडावे अशा अनेक विद्या शिवबांना हातोहात अवगत झाल्या.
शिवबांच्या नसानसांत ‘न्याय’ उतरत होता. अन्याय म्हणजे काय ? हे त्यांना समजू लागले. त्यांना अन्याय सहन होत नव्हता. सर्वांत मोठा अन्याय त्यांना दिसत होता, तो बादशहाची सत्ता हाच! शिवबा यांवर विचार करीत होते. यावर उपाय एकच. येथे रयतेचे, स्वकीयांचे राज्य ‘हिंदवी स्वराज्य’ निर्माण करणे.